随后，围绕九零粮库事件，佳木斯市联合调查组和富锦市工作组近期主要做了四项工作：

　　一是对九零粮库账目进行了全面清理、收缴和审计。

　　二是组织力量对粮库陈化粮库存情况进行了全面盘点。

　　三是组建了新的粮库领导班子，并对职工开展宣传教育和思想稳定工作，保证正常安全生产。

　　四是由司法机关对相关人员进行立案侦查。

　　据吕广良说，通过前一时期工作，4月28日，公安机关认定，原粮库主任刘忠库、出纳员姚丽艳等二人已经涉嫌犯罪并已实行了抓捕，传言中所说的“目前相关人员至少6人被抓”并不符合事实。他同时表示，亏库情况，涉嫌犯罪情况正在调查审理中。

　　粮库方面，4月25日，富锦市粮食局紧急抽调两位副局长进驻该粮库，成立临时领导班子，富锦市粮食局副局长刘俐君兼任粮库主任。随后召开了部分职工大会，将问题向职工做了通报。

　　为了确保安全，粮食局把其保卫股部分成员调往九零粮库，24小时巡逻，并增加夜间更夫人数至80人，以防有火灾之类紧急情况的发生。

　　随后，富锦市对整个粮库的领导班子做了大调整，从富锦市其他粮库调来3位领导班子成员，加上之前的两位粮食局副局长，新领导班子成员共5位，原领导班子成员有3人保留了职位。

　　同时，为了举一反三，粮食局还下令全市所有粮库都要同步自行进行核查，一周后会得到自查的结果。